En 2012 inauguró, junto con su esposa Alejandra Flores, el restaurante Quintonil.

Con los chefs Mauro Colagreco (restaurante Mirazur, Francia) y Virgilio Martínez (restaurante Central, Perú), en 2014 Vallejo echó a andar la iniciativa Orígenes, para recuperar y preservar productos, técnicas y costumbres culinarias que sobreviven en pequeñas comunidades de Latinoamérica. Desde entonces, los chefs realizan viajes a poblaciones del continente para investigar y compartir experiencias.

Ese mismo año ocupó el décimo lugar en la lista Latin America's 50 Best Restaurants. En la edición siguiente ascendió al sitio 6 y se mantuvo en ella en 2016.

Se estrenó con el lugar 35 en la lista The 50 Best World’s Restaurants de la revista inglesa Restaurant en 2015, y en 2016 ascendió al lugar 12 de este ranking, hasta ahora el puesto más alto ocupado por un restaurante mexicano. En 2017 Quintonil ocupó el sitio 22 en el listado.

Ha recibido numerosos premios y reconocimientos: fue nombrado uno de los Rising Stars en el mundo (FOUR Magazine, 2014); Chef del Año (premios GQ Hombres del Año 2015) y obtuvo el Premio Millesime México al Mejor Restaurante (2015). La revista Quién lo incluyó en su grupo de los personajes que transforman a México (2015). Fue invitado a la cena organizada por The Best Chef —organización que promueve a los nuevos talentos gastronómicos a nivel internacional— para los 100 mejores chefs del mundo, en Lyon, Francia (2015). En 2016 ingresó a la lista de Los 300 líderes Más Influyentes de México.